Ça marche pas ? Ça doit venir du mode. Si ton dessin a été scanné en noir et blanc, ton image est en mode noir et blanc, du coup, tu ne peux pas mettre de couleurs, juste des niveaux de gris, vois seulement du noir ou du blanc si l'image est en noir et blanc purs. Pour mettre ton image en mode couleur, il suffit d'aller dans image>mode et de choisir RVB, et là ça marche.
En tout cas, The Gimp fonctionne très bien, je l'ai utilisé pendant 2 ans pour faire mes illustrations.